Esas manchas si no me equivoco son provocadas por la oxidación del aluminio, y para eliminarlas, tendras que conseguir limpiador especifico para aluminios o para motores, que son limpiadores, que por decirlo de alguna manera, atacan al aluminio, con lo que una vez aplicados se deben eliminar enseguida, para que no sigan deteriorando en exceso la superficie del aluminio, no obstante si quieres que te quede de lujo, una vez limpito tanto la culata como el cilindro y los carteres, pintalos con pintura de aluminio anticalorica, con lo que conseguiras un acabado homogeneo de todo el motor y con un efecto de nuevo nuevisimo.
Saludos